Séminaire BIS2 - Étienne Becht, Centre de recherche sur l’inflammation (Paris)

Name: Séminaire BIS2 - Étienne Becht, Centre de recherche sur l’inflammation (Paris)
Start: 2026-10-01T00:00:00.000
End: 2026-10-01T23:59:59.999999
Location: Rennes

Publié par driss@vivop

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Description

Démystifier l'UMAP pour l'analyse Single-Cell

L'Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) est une méthode de réduction de dimensionnalité non linéaire (NLDR) largement utilisée. En recherche biologique, elle a trouvé des applications dans divers domaines, tels que la génomique, le profilage du microbiote et la spectrométrie de masse, mais son utilisation la plus courante concerne les analyses monocellulaires, comme les données de séquençage de l'ARN de cellules individuelles (scRNA-seq) ou la cytométrie en flux. La popularité de l'UMAP, couplée à la nature qualitative et donc intrinsèquement difficile à interpréter de ses résultats, a suscité plusieurs controverses concernant son utilité, son originalité et ses fondements mathématiques.
Afin d'aider le public à se forger une opinion éclairée sur ces sujets, nous situerons l'UMAP dans l'histoire récente des méthodes NLDR, en expliquant ses liens avec d'autres approches comme le t-SNE ou ForceAtlas, ses différences avec d'autres classes de méthodes NLDR telles que les Diffusion Maps, ainsi que ses connexions avec les méthodes de clustering couramment utilisées. Nous aborderons également l'interprétation des plongements UMAP dans le contexte des analyses scRNA-seq.
Notre objectif est de fournir des conseils pratiques et accessibles pour utiliser efficacement les méthodes NLDR dans la recherche, tout en évitant les surinterprétations. Pour ce faire, nous passerons en revue les principes de conception sous-jacents à ces méthodes, leur efficacité computationnelle et certains des paramètres critiques influençant leurs résultats.
Enfin, nous illustrerons l'application de ces méthodes à des expériences de cytométrie en flux massivement parallèles pour étudier le microenvironnement immunitaire et stromal des tumeurs humaines.
Étienne Becht
Centre de Recherche sur l'Inflammation (Paris)
Chercheur au Centre de recherche sur l’inflammation et membre de l’équipe Sinkus, il travaille sur l’axe scientifique « Inflammation oncogénique & développement tumoral ». En tant que chercheur à l'hôpital Beaujon (AP-HP), il se spécialise dans les maladies hépatiques chroniques, la phytopathologie tumorale et l'hétérogénéité des tumeurs primaires du foie.

Thématiques de recherche

* ➠ Méthodes bioinformatiques pour l'immuno-oncologie (par exemple déconvolution par MCP-counter, analyse du répertoire B en transcriptomique spatiale...)
* ➠ Analyse du microenvironnement hépatique et des tumeurs primitives hépatiques (carcinome hépatocellulaire).
* ➠ Projets sur la cytométrie en flux parallélisée et l’analyse de données unicellulaires (ex. : méthode Infinity Flow) pour cartographier le microenvironnement tumoral

Horaires de l'événement

Le 01/10 : 14:00-15:00

Lieu de l'événement

Salle Archipel des Glénan - Bâtiment 4 - IGDR 2 avenue du professeur Léon Bernard, Rennes

Rennes

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Carte de localisation de Séminaire BIS2 - Étienne Becht, Centre de recherche sur l’inflammation (Paris)

Contact(s) & Réservations

Lieu : Salle Archipel des Glénan - Bâtiment 4 - IGDR
2 avenue du professeur Léon Bernard, Rennes

Crédit(s)

source : IGDR - Institut Génétique et Développement de Rennes
date dernière maj : 02-09-2026

Visitez le site de

IGDR - Institut Génétique et Développement de Rennes

https://igdr.univ-rennes.fr/

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Révélée à la cérémonie d’ouverture des Jeux Olympiques de Paris, la compagnie Mazelfreten électrise la scène avec ce spectacle de danse électro. Une chorégraphie magnétique qui surprend et captive. Avec %b%Rave Lucid%/i%, la compagnie MazelFreten, qui a enflammé la cérémonie d’ouverture des J.O., conjugue les mouvements de la danse électro avec le principe des battles de hiphop pour obtenir un ensemble de mouvements hypnotiques, menant à une transe collective.

Cesson-sévigné

Ajouté le 25 juin

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Le Diplôme d'Accès aux Études Universitaire option scientifique est équivalent au bac S. Il vous donne toutes les chances d'être reçu à l'université (BUT, Licence...) ou passer des concours. Vous avez un projet d’études universitaires mais vous n’avez pas le bac ? Vous souhaitez vous remettre à niveau pour intégrer une filière scientifique ? Vous avez au moins 20 ans et avez interrompu vos études depuis au moins 2 ans ? Le DAEU-B est un diplôme national équivalent au baccalauréat. Il donne accès à des études supérieures en sciences, technologies, santé. Le DAEU-B combine des matières scientifiques (mathématiques, SVT, chimie, physique) et des enseignements professionnalisants comme la comptabilité, l’informatique, la logistique, la qualité ou encore le génie civil. Le diplôme d’accès aux études universitaires (DAEU) est une véritable seconde chance pour celles et ceux qui ont quitté le système scolaire avant l’obtention du baccalauréat et souhaitent renouer avec les études. La formation est proposée 100% à distance ou en hybride (distanciel + cours du soir ou du samedi en présentiel) Le DAEU-B vous intéresse ? Vous voulez en savoir plus ? Avant de candidater au DAEU-B il est indispensable de participe à une réunion d'information en ligne. Cette réunion d'information vous permettra de mieux cerner les attendus du diplôme et de bien préparer votre candidature. ► JE M'INSCRIS pour en savoir plus sur le DAEU-B

Réunion d'info : reprendre des études supérieures sans avoir le bac, c'est possible avec le DAEU.

Rennes

Ajouté le 20 juin

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Rencontrez les artistes intervenant·es lors de cette soirée de présentation des ateliers. %b%Soirée de présentation des ateliers%/b% %b%de pratique artistique%/b% %b%Le service culturel de l'université de Rennes propose des ateliers de pratique artistique et culturelle animés par des artistes professionnels.%/b% Ils sont ouverts aux étudiant·es de l’Université de Rennes, débutants ou expérimentés. Ils sont gratuits, mais ils demandent sérieux et régularité ! Pour vous aider dans votre choix nous vous proposons de rencontrer les artistes intervenant·es lors de cette soirée de présentation des ateliers. ► Découvrez les 10 ateliers au programme 25/26. Venez rencontrer les intervenant·es ► Mardi 22 septembre 2026 de 18h à 20h au Diapason Ouverture des inscriptions en ligne sur le site du service culturel ► Mercredi 23 septembre 2026 à 20h

Soirée de présentation des ateliers de pratique artistique

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Ajouté le 31 août

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Sous l'église. Le mardi 22 septembre de 18h à 19h. Salle Méhaignerie, sous l'église. Le mardi 22 septembre de 18h à 19h. Plus d'information sur cette page.

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