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Séminaire BIS2 - Étienne Becht, Centre de recherche sur l’inflammation (Paris)
événementRennes
1 octobre 2026

Séminaire BIS2 - Étienne Becht, Centre de recherche sur l’inflammation (Paris)

Publié par driss@vivop

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Description

Démystifier l'UMAP pour l'analyse Single-Cell

L'Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) est une méthode de réduction de dimensionnalité non linéaire (NLDR) largement utilisée. En recherche biologique, elle a trouvé des applications dans divers domaines, tels que la génomique, le profilage du microbiote et la spectrométrie de masse, mais son utilisation la plus courante concerne les analyses monocellulaires, comme les données de séquençage de l'ARN de cellules individuelles (scRNA-seq) ou la cytométrie en flux. La popularité de l'UMAP, couplée à la nature qualitative et donc intrinsèquement difficile à interpréter de ses résultats, a suscité plusieurs controverses concernant son utilité, son originalité et ses fondements mathématiques.
Afin d'aider le public à se forger une opinion éclairée sur ces sujets, nous situerons l'UMAP dans l'histoire récente des méthodes NLDR, en expliquant ses liens avec d'autres approches comme le t-SNE ou ForceAtlas, ses différences avec d'autres classes de méthodes NLDR telles que les Diffusion Maps, ainsi que ses connexions avec les méthodes de clustering couramment utilisées. Nous aborderons également l'interprétation des plongements UMAP dans le contexte des analyses scRNA-seq.
Notre objectif est de fournir des conseils pratiques et accessibles pour utiliser efficacement les méthodes NLDR dans la recherche, tout en évitant les surinterprétations. Pour ce faire, nous passerons en revue les principes de conception sous-jacents à ces méthodes, leur efficacité computationnelle et certains des paramètres critiques influençant leurs résultats.
Enfin, nous illustrerons l'application de ces méthodes à des expériences de cytométrie en flux massivement parallèles pour étudier le microenvironnement immunitaire et stromal des tumeurs humaines.
Étienne Becht
Centre de Recherche sur l'Inflammation (Paris)
Chercheur au Centre de recherche sur l’inflammation et membre de l’équipe Sinkus, il travaille sur l’axe scientifique « Inflammation oncogénique & développement tumoral ». En tant que chercheur à l'hôpital Beaujon (AP-HP), il se spécialise dans les maladies hépatiques chroniques, la phytopathologie tumorale et l'hétérogénéité des tumeurs primaires du foie.

Thématiques de recherche

* ➠ Méthodes bioinformatiques pour l'immuno-oncologie (par exemple déconvolution par MCP-counter, analyse du répertoire B en transcriptomique spatiale...)
* ➠ Analyse du microenvironnement hépatique et des tumeurs primitives hépatiques (carcinome hépatocellulaire).
* ➠ Projets sur la cytométrie en flux parallélisée et l’analyse de données unicellulaires (ex. : méthode Infinity Flow) pour cartographier le microenvironnement tumoral

Horaires de l'événement

Le 01/10 : 14:00-15:00

Lieu de l'événement

Salle Archipel des Glénan - Bâtiment 4 - IGDR 2 avenue du professeur Léon Bernard, Rennes

Rennes

Google Maps
Carte de localisation de Séminaire BIS2 - Étienne Becht, Centre de recherche sur l’inflammation (Paris)

Contact(s) & Réservations

Lieu : Salle Archipel des Glénan - Bâtiment 4 - IGDR
2 avenue du professeur Léon Bernard, Rennes

Crédit(s)

source : IGDR - Institut Génétique et Développement de Rennes
date dernière maj : 02-09-2026

Visitez le site de

IGDR - Institut Génétique et Développement de Rennes
https://igdr.univ-rennes.fr/

Quoi faire d'autre aujourd'hui à Domloup ? Autres activités

Aperçu de la description.

Du 15 au 23 septembre 2026, le concours photo #Objectif Patrimoines revient pour sa 8e édition. Nouvelle édition, nouveau défi : 75 communes labellisées deviennent le terrain de jeu des photographes amateurs, invités à accompagner chaque image d’une phrase évocatrice. De la Fête de la Bretagne aux Journées Européenes du Patrimoine, le concours propose de révéler une Bretagne inattendue : un détail discret dans un paysage, une singularité architecturale, un geste, un savoir-faire… Et si le patrimoine breton se cachait là où on ne l’attend pas ? Une édition renouvelée, ouverte à tous. Organisé par les réseaux des Communes du Patrimoine Rural et des Petites Cités de Caractère® de Bretagne, le concours s’étend cette année à 75 communes labellisées, principalement en milieu rural. Sa singularité : associer image et écriture. Chaque photographie est accompagnée d’une phrase comme un écho — une émotion, une surprise, un regard. Parce qu’au fond, ce n’est pas seulement ce que l’on regarde qui compte, mais la manière dont on le regarde. Depuis son lancement en 2019, le concours ne cesse de grandir : plus de 1 450 participants ont déjà pris part à l’aventure et plus de 4 200 photographies ont été partagées. Année après année, ces images composent une mosaïque vivante de la Bretagne : ruelles, façades, paysages, gestes, détails insolites… Autant de regards qui témoignent de la richesse et de la diversité des patrimoines bretons, qu’ils soient visibles ou plus discrets, matériels ou immatériels. 20 regards récompensés Chaque participant peut proposer jusqu’à 3 photographies, chacune accompagnée d’une courte phrase. Un jury de professionnels de l’image et d’acteurs du patrimoine sélectionnera 20 lauréats, dont un Grand Prix, en s’appuyant sur des critères concrets : qualité de la prise de vue, originalité du regard, capacité de l’image à raconter une histoire et respect de la thématique. À la clé : - 1er prix : un bon d’achat culturel de 200 € - 2e prix : un bon d’achat culturel de 50 €. - Les lauréats suivants, des entrées gratuites pour des sites touristiques situés dans les cités labellisées. Les résultats seront annoncés le 15 octobre 2026. Les photos primées seront présentées dans une galerie en ligne et mises en avant sur les réseaux sociaux, aux côtés des images marquantes des éditions précédentes. À vos objectifs : le patrimoine est là, tout autour de nous, il n’attend qu’un regard pour se révéler. Candidatures ouvertes sur www.patrimoines-de-bretagne.fr/concours-photo

Concours photos #Objectifs Patrimoines : le patrimoine dans les détails
Châteaugiron.
Ajouté le 15 juin.

CONCOURSPHOTOS#OBJECTIFSPATRIMOINES :LE PATRIMOINEDANS LESDÉTAILS

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DU 15 MAIAU23 SEPTEMBRE 2026
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La Fresque du Climat (FDC) permet à chacun·e de comprendre le fonctionnement, l’ampleur et la complexité des enjeux liés aux changements climatiques afin de se les approprier et d’agir.

Fresque de climat
Rennes.
Ajouté le 18 septembre.

FRESQUE DECLIMAT

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LE 21 SEPTEMBRE 2026
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manifestation danse poésie musique Un moment pour se retrouver et partager des moments doux en fin d'été. Se retrouver, se découvrir, se rassembler dans les derniers rayons de soleil? Chaque année, un e poète invité e , ici Lucile Pleiber. Venez découvrir écouter l'enthousiasme lucide de la jeunesse. Un temps fort le 26 novembre pour petits et grands un temps à l'école Freinet Un temps au Dada café Accessible à toutes et tous

BUVONS L AUTOMNE 2026
Rennes.
Ajouté le 13 septembre.

BUVONS LAUTOMNE 2026

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DU 21 SEPTEMBREAU26 SEPTEMBRE 2026
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Des ateliers qui abordent les liens entre santé et environnement : la marche et ses bienfaits, les pics de chaleurs, l'alimentation sans polluants, un logement sain, les éco-gestes pour la santé Au programme : \- Faire face aux vagues de chaleur : vendredi 21 août 17h \- Balade des bienfaits, des contacts avec la nature : lundi 21 septembre 10h30 \- La santé via son alimentation : lundi 12 octobre 10h30 \- La santé dans son logement : lundi 9 novembre 10h30 \- Santé et éco-gestes : lundi 7 décembre 10h30

Santé et Bel âge
Rennes.
Ajouté le 11 septembre.

SANTÉ ET BELÂGE

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DU 21 SEPTEMBREAU7 DÉCEMBRE 2026
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